TRAKTOR PRO 2／3はNHLプロトコルに基づき、すべてのNative Instrumentsコントローラーを自動的に検出し、設定に追加します。これには以下の製品が含まれます：
- TRAKTOR KONTROL S8
- TRAKTOR KONTROL S5
- TRAKTOR KONTROL S4
- TRAKTOR KONTROL S3
- TRAKTOR KONTROL S2
- TRAKTOR KONTROL D2
- TRAKTOR KONTROL X1
- TRAKTOR KONTROL F1
- TRAKTOR KONTROL Z2
- TRAKTOR KONTROL Z1
これらのコントローラを既存のTRAKTORで使用するには、ドライバをインストールし、コンピュータの空きUSBポートに接続するだけです。TRAKTORがデバイスを認識すると即座に、必要なすべての設定が読み込まれます。
注意：機種とTRAKTORの設定によっては、コントローラを最大限に活用するために、Remix DecksやScratch Controlなどの機能を有効化する必要がある場合があります。
TRAKTORの初回起動時、セットアップウィザードが表示され、設定処理が案内されます。WELCOME画面では、すべてのデバイスとUSBコントローラを接続するように指示されます。上記のコントローラのいずれかを使用している場合、これがTRAKTORで必要となる唯一の設定手順です。
スタンドアロンコントローラであるTRAKTOR KONTROL S8 / S5 / S2 / S4 / Z2では、直接DECK LAYOUT SELECTION画面で設定を完了できます。
ただし、アドオン・コントローラであるTRAKTOR KONTROL X1 / F1では、セットアップウィザードにHARDWARE CONTROLLER SETUPが表示され、外部コントローラを使用しているかどうかを尋ねられます。これにより、MASCHINEやその他の他社製TRAKTOR READYコントローラなど、自動検出に対応していない別のコントローラを設定に追加できます。別のTRAKTO RREADYコントローラを使用している場合にのみYesを選択し、この記事に記載されているNI製コントローラのみを使用している場合はNoを選択してください。
Yesを選択すると、セットアップウィザードにHARDWARE CONTROLLER SELECTIONが表示されます。 
ここで設定する別のTRAKTOR READYコントローラーがない場合は、上記のようにBackボタンを押してHARDWARE CONTROLLER SETUPでNoを選択するだけで、別のTRAKTOR READYコントローラを追加せずにDECK LAYOUT SELECTIONに直接アクセスできます。